(Traditional Chinese Medicine Database, NeoSuite)
創(chuàng)騰科技有限公司和中科院過(guò)程工程研究所分子設(shè)計(jì)課題組聯(lián)合開(kāi)發(fā)的綜合性中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。Neosuite TCMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)是在中藥研究者*從事藥物設(shè)計(jì)方法研究的背景下，對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)工具的國(guó)內(nèi)外需求進(jìn)行分析，經(jīng)多年努力研制成功的科學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)產(chǎn)品，是一個(gè)支持新藥研發(fā)和中藥現(xiàn)代化研究的新型工具。TCMD數(shù)據(jù)目前收集了中藥化合物23033種，每種中藥化合物包含下列11項(xiàng)數(shù)據(jù)：代碼、CAS登錄號(hào)、中文名稱、英文名稱、分子式、分子量、二維結(jié)構(gòu)式、植物來(lái)源、藥理活性（即藥理模型實(shí)驗(yàn)結(jié)果，近8000多種化合物有此數(shù)據(jù)）、物理化學(xué)性質(zhì)（晶體形態(tài)、熔點(diǎn)、沸點(diǎn)、旋光度等，14000多種化合物有此數(shù)據(jù)）和參考文獻(xiàn)。TCMD數(shù)據(jù)庫(kù)涉及到的中藥藥用植物有6735種，使用的參考文獻(xiàn)有5507多篇。
產(chǎn)品介紹
Neosuite TCMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) (Traditional Chinese Medicines Database，TCMdb2009中文版) 是中科院過(guò)程工程研究所分子設(shè)計(jì)課題組在*從事藥物設(shè)計(jì)方法研究的背景下，對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)工具的國(guó)內(nèi)外需求進(jìn)行分析，經(jīng)多年努力研制成功的科學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)產(chǎn)品，是一個(gè)支持新藥研發(fā)和中藥現(xiàn)代化研究的新型工具。
TCMdb2009中文版是一個(gè)多學(xué)科交叉的科學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，涉及中藥現(xiàn)代化研究、中藥化學(xué)、藥物化學(xué)、植物化學(xué)、化學(xué)信息學(xué)、中藥藥理學(xué)、分子藥理學(xué)、藥物設(shè)計(jì)學(xué)、天然產(chǎn)物研究與開(kāi)發(fā)、新藥創(chuàng)制、新劑型中藥研發(fā)、新農(nóng)藥及其它農(nóng)用化學(xué)品的研發(fā)等諸多研究及開(kāi)發(fā)領(lǐng)域。
TCMdb2009中文版中包含了23033種化合物，涉及中藥藥用植物6735種，使用參考文獻(xiàn)5507篇。每種化合物下列12項(xiàng)數(shù)據(jù)：代碼、CAS登錄號(hào)、中文名稱、英文名稱、別名、分子式、分子量、二維結(jié)構(gòu)式、植物來(lái)源、藥理活性（即藥理模型實(shí)驗(yàn)結(jié)果，近8000多種化合物有此數(shù)據(jù)）、物理化學(xué)性質(zhì)（晶體形態(tài)、熔點(diǎn)、沸點(diǎn)、旋光度等，14000多種化合物有此數(shù)據(jù)）和參考文獻(xiàn)。
產(chǎn)品特點(diǎn)：
• 8000種成分有藥理數(shù)據(jù)：200種細(xì)胞水平抗癌模型；細(xì)胞因子網(wǎng)絡(luò)調(diào)節(jié)機(jī)制抗炎模型；各種抗氧化模型；各種酶抑制劑模型；NO抑制劑模型等等。
• 信息表達(dá)體系完整嚴(yán)格：按規(guī)范全面定義了中英名稱、化學(xué)結(jié)構(gòu)、各類數(shù)值、生物活性等數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、層次及格式，使相關(guān)學(xué)科信息表達(dá)和接軌。
• 保證數(shù)據(jù)*性可靠性：采用多種交叉驗(yàn)證方法保證信息準(zhǔn)確可靠?；衔锪Ⅲw化學(xué)表達(dá)完整，并*實(shí)現(xiàn)了藥理數(shù)據(jù)多層次結(jié)構(gòu)規(guī)范化。
無(wú)論您是從中藥設(shè)計(jì)新西藥，還是研發(fā)新劑型新中藥，都可以把TCMdb中藥數(shù)據(jù)庫(kù)作為一種得力的工具，幫助您以zui快速度分析并做出決策，解答任何與中藥有關(guān)的問(wèn)題：
• 有多少化學(xué)成分做過(guò)抗癌實(shí)驗(yàn)，哪些有活性？哪些沒(méi)有？IC50值多少？
• 以心血管藥物為研發(fā)目標(biāo)的公司應(yīng)該關(guān)注哪些中藥的研發(fā)動(dòng)態(tài)？
• 從中藥出發(fā)創(chuàng)制抗高血壓新藥，哪些資源成功希望zui大？
• 黃酮類化合物有多少種藥理活性？哪些活性譜zui廣？
• 中藥傳統(tǒng)藥效有清熱、安神、解表、活血等，對(duì)應(yīng)的藥理學(xué)概念是什么？
應(yīng)用實(shí)例：
• 從植物檢索化合物
給定一種中藥藥用植物，問(wèn)該種植物都含有哪些化合物？ 嚴(yán)格的說(shuō)法是：都有哪些化合物被從該種植物中分離并進(jìn)行了結(jié)構(gòu)確定？，TCMdb2009中文版數(shù)據(jù)庫(kù)能方便地完成這個(gè)任務(wù)。以三七為例，單擊菜單欄下方的“Query”按鈕，在query模式下激活“植物來(lái)源”域，鍵入“Like “%三七%””時(shí)，單擊菜單欄“Search”按鈕，單擊下拉菜單中的“By Form”，系統(tǒng)將擴(kuò)展地檢出各種三七中含有的全部化合物，包括竹節(jié)三七等。
類別 | 方式 | 檢索域 | 鍵入 | 命中數(shù) | 注解及說(shuō)明 |
單項(xiàng) | SBF | 植物來(lái)源 | Like “%人參%” | 180 | 檢出各種人參中含有的全部化合物 |
單項(xiàng) | SBF | 植物來(lái)源 | Like “%三七%” | 156 | 檢出各種三七中含有的全部化合物，注意包括竹節(jié)三七等 |
• 化合物藥理活性數(shù)據(jù)檢索
在全庫(kù)的 23033 種化合物中，7000 種化合物有藥理活性數(shù)據(jù)。這是研究 QSAR/SAR 關(guān)系的珍貴信息。用 SBF 方式，激活“藥理活性”域后，鍵入“Like “%藥理關(guān)鍵字%””，之后單擊菜單欄 “Search” 按鈕，單擊下拉菜單中的 “By Form”，就得到下表中的結(jié)果。亦可采用 QB 方式，見(jiàn)下表中中間的三個(gè)例子：
類別 | 方式 | 檢索域 | 鍵入 | 命中數(shù) | 注解及說(shuō)明 |
單項(xiàng) | SBF | 藥理活性 | Like "%金黃色葡萄球菌%" | 428 | 428 個(gè)化合物有抗金黃色葡萄球菌數(shù)據(jù) |
單項(xiàng) | SBF | 藥理活性 | Like "%細(xì)胞毒%" | 2519 | 2519 個(gè)化合物有體外抗腫瘤數(shù)據(jù) |
單項(xiàng) | QB | 藥理活性 | property12 like "%抗腫瘤%" | 638 | 638 個(gè)化合物有體內(nèi)抗腫瘤數(shù)據(jù) |
單項(xiàng) | QB | 藥理活性 | property12 like "%抗高血壓%" | 219 | 219 個(gè)化合物有抗高血壓數(shù)據(jù) |
單項(xiàng) | QB | 藥理活性 | property12 like "%抗腫瘤%" or property12 like "%細(xì)胞毒%" | 2916 | 2916個(gè)化合物有體外或體內(nèi)抗癌數(shù)據(jù) |
單項(xiàng) | SBF | 藥理活性 | Like “%抗瘧%” | 250, , , | 250個(gè)化合物有抗瘧數(shù)據(jù) |
注意: 體外抗癌活性在庫(kù)中的規(guī)范表達(dá)方式是“細(xì)胞毒”，體內(nèi)抗癌活性在庫(kù)中的規(guī)范表達(dá)方式是“抗腫瘤”。觀察化合物生物活性索引中的生物活性規(guī)范表達(dá)方式對(duì)于熟練使用數(shù)據(jù)庫(kù)是有好處的。
• 結(jié)構(gòu)檢索
結(jié)構(gòu)及子結(jié)構(gòu)檢索是 TCMdb2009 中文版*的功能。這一功能的實(shí)現(xiàn)對(duì)進(jìn)行 QSAR 研究，進(jìn)而研發(fā)新藥提供了巨大的幫助。這里只舉出zui簡(jiǎn)單的例子：將黃酮類化合物的特征分子骨架放入 SBF 方式下的 structure 檢索域，從庫(kù)中檢出包含黃酮骨架的化合物 511 個(gè)。具體命令見(jiàn) 2.2 節(jié)。用 β-D-葡萄糖的分子骨架(含確切的立體化學(xué)信息)提問(wèn)，得到 1455 個(gè)命中化合物。其它例子見(jiàn)下表：
類別 | 方式 | 檢索域 | 鍵入 | 命中數(shù) | 注解及說(shuō)明 |
單項(xiàng) | SBF | 二維結(jié)構(gòu) |
| 1099 | 黃酮類化合物 552個(gè) |
單項(xiàng) | SBF | 二維結(jié)構(gòu) |
| 427 | 二氫黃酮類化合物 163個(gè) |
單項(xiàng) | SBF | 二維結(jié)構(gòu) |
| 566 | 香豆素類化合物 295個(gè) |
單項(xiàng) | SBF | 二維結(jié)構(gòu) |
| 79 | 洋地黃毒強(qiáng)心甙 59個(gè) |
單項(xiàng) | SBF | 二維結(jié)構(gòu) |
| 3715 | 含β-D-葡萄糖化合物 1746個(gè) |
• 用戶評(píng)價(jià)
TCMdb 中藥數(shù)據(jù)庫(kù)2009年新版和科學(xué)出版社近日發(fā)行新書《中藥原植物化學(xué)成分集》基本相同，但文字/數(shù)值/結(jié)構(gòu)復(fù)合型數(shù)據(jù)庫(kù)具有任何紙質(zhì)書本不可能具有的強(qiáng)大檢索功能，和《中藥原植物化學(xué)成分集》配合使用，相得益彰，是*的結(jié)合。國(guó)內(nèi)專家對(duì)《中藥原植物化學(xué)成分集》一書的評(píng)論摘要如下：
“該書為中藥的現(xiàn)代化研究搭建了一個(gè)很好的信息平臺(tái)，達(dá)到了上同類工作的*水平”（醫(yī)科院藥用植物所肖培根院士）
“該書內(nèi)容豐富，資料完整，反映了國(guó)內(nèi)外研究成果，對(duì)于充分利用我國(guó)中藥資源，促進(jìn)中藥現(xiàn)代化研究，提升我國(guó)創(chuàng)新藥物研究水平，具有重要的科學(xué)價(jià)值“（中國(guó)藥理學(xué)會(huì)杜冠華理事長(zhǎng)）
“該書為用綜合方法系統(tǒng)研究中藥*提供了一套兩萬(wàn)種以上中藥化學(xué)成分的數(shù)據(jù)集合……在理論層面上對(duì)臨床實(shí)踐有重要參考價(jià)值”（中醫(yī)*翁維良*研究員）
除了該數(shù)據(jù)庫(kù)，直接用于受體對(duì)接、創(chuàng)建3D藥效團(tuán)的TCMdb-2009-SCB/MCB單/多構(gòu)象庫(kù)也同步發(fā)行。
數(shù)據(jù)收集評(píng)價(jià)和庫(kù)研制：NiceData 北京翔實(shí)達(dá)特軟件研究開(kāi)發(fā)中心
軟件開(kāi)發(fā)及數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)行：NeoTrident 創(chuàng)騰科技有限公司
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